直肠恶变发生的原因，到当前为止仍然不十分明了，不过多数认为可能与食物或遗传有关。最近十多年来，由於工商业的发展，经济繁荣，国民所得大大地提高，以及受到西方文明的影响，常规的生活类型和饮食习惯发生很大的改变。在食物方面，肉类、 蛋白质、脂肪的摄取量提高很多，大肠直肠有明显增加的趋势。
遗传方面直肠恶变的家属或恶变症家族征候群等，得直肠恶变的机会比一般人高。当前虽然恶变症的研究有相当程度的进展如恶变基因及恶变抑制基因的发现，但仍有许多恶变化的基因不十分明了。
总结以上有以下几点：
①慢性炎症刺激：长期的慢性炎症可能是引起肛门直肠恶变的要素。如慢性细菌感染、阿米巴痢疾、慢性非特异性结肠炎、憩室炎等，使得粘膜发生肉芽肿、炎性变和假息肉阶段而发生恶变。其中血吸虫患者的大肠粘膜长期受虫卵刺激，产生坏死、脱落，甚至形成溃疡，然后在上皮再生和增生的基础上发生息肉，从而导致恶变。此外，痔疮、肛瘘、肛裂、化脓性汗腺炎、毛囊炎等长期刺激肛门皮肤，也可引起恶变。
②良性恶变：直肠家族性息肉病、直肠腺瘤、乳头状瘤等，在一定条件下，也可导致恶性病变。
③性病所致：不洁性交，使肛门部患了疑难杂症或乳头状纤维瘤，长期摩擦刺激，可引起恶变。
④饮食因素：高脂肪、高蛋白、低纤维素的饮食与直肠恶变发病有关。这是因为高脂肪食物可使胆汁分泌增多，促进肠道细菌生长，而胆醇、胆盐在厌氧菌作用下，形成不饱和胆固醇，如脱氧胆酸和石胆酸增加，这二种致恶变物数量增加，促进直肠恶变发病。
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