直肠淋病临床症状常在感染72小时之后发生，但患者身体状况以及是否使用抗生素均可能影响潜伏期，出现潜伏期或长或短的表现。临床上观察，潜伏期为2-10天，平均3-5天。发生在男性的淋菌性尿道炎，有急性或慢性尿道炎的症状和体征。女性的淋病常有急、慢性尿道、阴道炎，其并发症有副尿道炎、前庭大腺炎、外阴炎、官颈炎等。其他的淋菌感染性疾病尚有关节炎、皮肤炎综合征（播散性淋菌感染）、淋菌性咽峡炎、淋菌性眼病、淋菌性肛周围炎等。上述各症均有各自的临床症状和体征。
直肠淋病（肛门直肠淋菌性疾病）患者中有18%-34%是无症状的亚临床感染。这样患者没有直肠炎的临床表现，有些仅有肛门分泌物较平时增多、轻度瘙痒等症状。淋菌性直肠炎是直肠淋病的严重而典型的表现，症状可随炎症的轻重不同而有差别。初期为黏膜的急性炎症，轻者充血，重者水肿，潮红色黏膜常有带臭味的脓性分泌物。以隐窝处明显。继之黏膜坏死，出现糜烂，甚至溃疡，病期长的患者可出现息肉样炎性增生。直肠肛门部明显瘙痒、刺痛、烧灼感、压迫感和充盈感，排便时加重；有里急后重，常常有大量分泌物由肛门流出，黄白色，有臭味，稀淡如奶，有时带有血丝。腹泻黏液脓血便，偶有血便；肛门部皮肤糜烂、有裂口，患者感觉疼痛。炎症严重的患者，可并发脓肿以至于形成瘘管，而有肛周脓肿和肛瘘的临床表现。严重的淋菌性直肠炎，在愈合时，可由于疤痕的形成和收缩而出现肛门和直肠狭窄。全身可有发热、乏力、纳差、头痛等症状。
对直肠淋病的诊断，在病史采集中应注意有否不洁性交史，如有肛交史则更有助于确立诊断，近期的肛肠检查史，其他系统淋菌感染情况，特别是女性病人的泌尿生殖器淋病史；配偶和性伴有无淋菌性尿道炎，尿道阴道炎等淋病症状，性接触时间；了解初发症状及时间，有否治疗，治疗y物，治疗时间，疗效等；有无类似直肠炎病史，愈后的情况等。同时应作全面系统的体格检查，应注意检查生殖器官、会阴部、口腔、眼、前列腺等。肛门直肠的检查应注意观察分泌物的状况或量，及肛门的糜烂和裂口；肛指检查应注意触痛、压痛，以及指套黏附之分泌物的外观、气味；肛镜检查应注意肛管直肠移行处，特别早肛隐窝处红、肿、糜烂、溃疡等急性炎症的表现。临床还应与慢性直肠炎和梅毒性直肠炎相鉴别，见梅毒性直肠炎。
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