肛周脓肿一旦形成，应立即早期切开，减低局部张力，以阻断其扩散和向四周的蔓延;在脓肿清创时，应切除病变的肛隐窝，尽可能寻找内口所在;不论何种肛周脓肿，均应予以一次性根治，不留肛瘘等后遗症;对于不同类型肛周脓肿，宜选择不同切口，以保证根治术的彻底成功。疗程平均可缩短5～7天，治愈率100%。
在脓肿切口位置选择准确后，处理原则是：切除病变的肛隐窝，尽可能探寻内口所在。切开引流彻底清创暗腔，所有症状可随切开引流而消失。术中选择1点、11点切口，此部位脓肿多见于皮下和括约肌间隙脓肿，切开后搔刮时应注意性别之分：女性禁忌将肛门前方的肛门外括约肌皮下部切断，以防止肛门功能障碍;男性切开脓肿后往往有暗腔向阴茎部延伸，搔刮时应避免损伤尿道部及邻近组织。
另外，探查相应的肛窦，若探针容易进入脓肿，为原发性脓肿，可延探针切断肛门内括约肌，以利于肌间脓肿向直肠内的引流。最后将切口向下延长，将皮下外括约肌一并切断，使引流通畅。以上手术根治疗法，有防止提肛肌上、下的肌间脓肿横穿肛门内括约肌向各方蔓延，以免形成各种不同类型脓肿和瘘管的作用。值得提出的是：脓腔清创引流，脓肿暗腔清除与切除肛隐窝、选择切口有着同等意义，这是根治术过程中的一个非常重要的环节，不容忽视。
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